- بررسی نکردن شرایط محیطی مانند دمای خاک، طول روز، دمای هوا، آفتابی بودن یا نبودن.
- متناسب نکردن نوع کود مورد استفاده و مرحلهای از رشد که گیاه در آن قرار دارد (گیاه در مرحلهی رشد طولی، گلدهی و یا باردهی است).
- استفاده از کودهائی با فرمولهی قدیمی با قدرت ماندگاری کم و جذب بسیار پایین
یکی از عمدهترین علل شوری خاک همین فقر مواد ارگانیک است، مواد ارگانیک موجود در خاک با ایجاد شرایط مناسب برای جذب مواد کودی به ریشه مهمترین نقش را در پروسهی جذب مواد بازی میکنند. این بدان معنی است که کمبود این مواد در خاکهای زراعی بصورت مستقیم باعث شوری خاک خواهد شد. حداقل استاندارد مواد ارگانیک در خاکهای زراعی 3% که متاسفانه که این رقم در خاکهای زراعی ایران چیزی مابین 0.1 تا 0.01% بصورت میانگین است. واضح است که تا زمانی که این فقر شدید مواد ارگانیک در خاک برطرف نشود نمیتوان با شوری خاک مقابلهی اساسی کرد.